佛教有显密之分。显宗以经典载录的方式公开弘扬释氏教义；密宗则得名于身口意“三密相应”，即手结印契的“身密”，口诵真言（密咒）的“口密”及意念观想的“意密”。“三密”为禅修的基础，获得神通与成佛的途径。密坛就是为修持密法而建的坛场，又称护摩坛、内坛道场、灌顶坛。（这里密法有别于藏传佛教密宗）

石室禅院的药师密坛，是为修药师法，依药师经仪轨而建的坛场。位于大雄宝殿之上，专供五一、十一药师佛七，及消灾灌顶之用，是大众修行的圣地，其内部设施，严格依照《药师琉璃光如来本愿功德经》的要求布置。进入药师密坛，仿佛走进了东方净琉璃世界，蓝色的琉璃为地，金绳界道，城阙宫阁，轩窗罗网，皆七宝成，亦如西方极乐世界，功德庄严，等无差别。佛台上供奉的是七佛药师圣像，位居正中间的那尊，也是最大的那一尊，为蓝色的药师佛，亦是第七尊药师佛，即是本尊药师佛，其形象逼真，焰网庄严无等伦，选材精良，工艺考究，特地采用尼泊尔工艺锻造。本尊药师佛左右，侍立的是日光遍照菩萨和月光遍照菩萨，两位菩萨，是彼无量无数菩萨众之上首，次补佛处，悉能持彼世尊药师琉璃光如来正法宝藏。本尊药师佛的两侧，是八大菩萨（文殊菩萨、观世音菩萨、得大势菩萨、无尽意菩萨、宝檀华菩萨、药王菩萨、药上菩萨、弥勒菩萨）金身塑像，立于左右。（《药师经》云：“若有四众比丘、比丘尼、邬波索迦、邬波斯迦，及余净信善男子、善女人等，受持净戒，听闻药师琉璃光如来名号，临命终时，是八大菩萨乘空而来，示其道路，往生东方净土，于种种杂色众宝花中，自然化生。”）

除此之外，佛台两边，依次排列的是十二药叉大将（宫毗罗大将、伐折罗大将、迷企罗大将、安底罗大将、额你罗大将、珊底罗大将、因达罗大将、波夷罗大将、摩虎罗大将、真达罗大将、招杜罗大将、毗羯罗大将），他们一一各率七千眷属，皆同一心，尽形寿荷负一切有情，卫护坛城。（药师经云：“我等眷属，卫护是人，皆使解脱一切苦难，诸有愿求，悉令满足；或有疾厄求度脱者，亦应读诵此经，以五色缕结我名字，得如愿已，然后解结。”）

另外，密坛中还供奉了韦驮、伽蓝两大护法菩萨，及四大天王（手抱琵琶的东方持国天王、手提宝剑的南方增长天王、臂缠青龙的西方广目天王、手握宝塔的北方多闻天王）等。坛场四周，五色彩幡，长四十九搩手，悬于根根梁柱，庄严其处；种种鲜花、水果、灯烛、檀香而为供养。坛场两边墙体，供奉的是蓝色琉璃药师佛，灯光二十四小时不间断，数千尊药师佛，如千百亿化身，光摄大千（广大信众与善士可随喜捐资供养）。纵观整个药师坛场，犹如蓝色的琉璃世界，清净庄严。人在其中，山河大地化为虚有，仿佛置身于东方净琉璃世界，无论你身在何处，都离不开药师佛的慈悲摄受。移身墙下，随步换景，是佛动，还是身动？想来是仁者心动！