（一）七天修持各项仪轨圆满完成后，举行圆满灌顶回向。
1.礼佛三拜；2.炉香赞；3.那摩药师会上佛菩萨（三遍）；4.药师灌顶真言（21遍或49遍或108遍）；5.自己跪在坛城前，双手拿药师佛像放在自己头顶上或放病人头顶，一边持药师咒一边观想药师佛放琉璃光加持我们全身（3遍7遍21遍），遂愿所成；6.灌顶结束放回佛像，也可请修药师法门的法师灌顶那更圆满殊胜。
（二）念回向文。
修法功德殊胜行，无边胜福皆回向。普愿沉溺诸众生，速往无量光佛刹。十方三世一切佛，一切菩萨摩诃萨，摩诃般若波罗蜜。
（三）念三皈依，一皈依一拜。
自皈依佛，当愿众生，体解大道，发无上心。
自皈依法，当愿众生，深入经藏，智慧如海。
自皈依僧，当愿众生，统理大众，一切无碍，
和南圣众。
（四）礼佛三拜圆满完成。